Do danas je više od 200 antimikrobnih peptida izolirano iz različitih organizama, s više od 170 izvedenih samo iz insekata. Ovi peptidi su klasificirani na temelju njihovog podrijetla i strukturnih svojstava.
Linearni peptidi sa spiralnom strukturom
Cekropini su bili prvi otkriveni životinjski antimikrobni peptidi; izolirali su ih Boman i sur. iz kukuljica američkog svilenog moljca (*Hyalophora cecropia*). 1980. godine.
Linearni peptidi bogati specifičnim aminokiselinama
Apidaecini su peptidni antibiotici-bogati prolinom izolirani iz medonosnih pčela. Obično se sastoje od 16-18 aminokiselinskih ostataka, s udjelom prolina do 33%, a udjelom arginina do 17%. Apidaecini pokazuju snažnu aktivnost protiv određenih Gram-negativnih bakterija, ali su neučinkoviti protiv Gram-pozitivnih bakterija.
Peptidi koji sadrže jednostruku disulfidnu vezu
Ovo je mala klasa antimikrobnih peptida. Prvi otkriveni peptid ove vrste bio je baktenecin, dobiven iz goveđih neutrofila. Sadrži 12 aminokiselina-uključujući četiri argininska ostatka-i tvori disulfidnu vezu između drugog i jedanaestog ostatka.
Peptidi koji sadrže dvije ili više disulfidnih veza
Defenzini su prototipni predstavnici ove klase. Prvobitno otkriveni -defenzini, izvedeni iz tkiva sisavaca, općenito sadrže 29-34 aminokiselinska ostatka; šest konzerviranih cisteinskih ostataka formira tri intramolekularne disulfidne veze. Dodatno, sačuvani su ostaci arginina na pozicijama 6 i 15, kao i ostaci glicina na poziciji 24.
Lantibiotici
Lantibiotici su peptidni antibiotici koje proizvode bakterije; oni su genetski kodirani, sintetizirani na ribosomima i prolaze kroz-translacijsku modifikaciju da bi uključili specifične organske skupine. Nisin je najopsežnije proučavan među njima.
