CAS broj za neuropeptid Y (svinjski) je 83589-17-7; ima molekularnu formulu C190H287N55O57 i molekularnu težinu od približno 4253,70. Neuropeptid Y (ljudski/štakor) ima CAS broj 90880-35-6, molekulsku formulu C189H285N55O57S i molekularnu težinu od približno 4271,68; skladištenje obično zahtijeva hlađenje na -20 stupnjeva. NPY posjeduje jedinstvenu konformaciju poput ukosnice poznatu kao nabor "polipeptida pankreasa".
Neuropeptid Y široko je raspoređen u središnjem živčanom sustavu; najveća mu je koncentracija u hipokampusu, zatim u kori velikog mozga, hipotalamusu, talamusu, moždanom deblu i malom mozgu. Arkuatna jezgra hipotalamusa primarno je mjesto sinteze NPY. Specifične populacije neurona koji eksprimiraju NPY- nalaze se u dorzalnom raphe nucleusu i ventrolateralnom periakveduktalnom sivom dijelu moždanog debla. U perifernom živčanom sustavu, NPY se primarno ko-lokalizira s norepinefrinom u simpatičkim živcima i oslobađa se iz simpatičkih živčanih završetaka. Kardiovaskularni sustav sadrži obilje NPY živčanih vlakana, a NPY je široko raspoređen oko srca i krvnih žila.
